Madrasah Aliyah Negeri 3 Sumbawa (selanjutnya disingkat MAN 3 Sumbawa) adalah sebuah lembaga pendidikan menengah atas yang memiliki sejarah perkembangan yang “luar biasa”. Cikal-bakal berdirinya MAN 3 Sumbawa dimulai dari didirikannya sebuah madrasah swasta pada tahun 1991 yang bernaung di bawah Yayasan Kesejahteraan Keluarga Karya Indonesia (YK3I), yang merupakan sebuah lembaga sosial bentukan dan binaan Partai Golongan Karya (Golkar). Saat itu, madrasah tersebut dikepalai oleh Drs. Zuhri Irian dari tahun 1991 s.d. 1993. Selanjutnya pada tahun 1994 s.d. 1997, madrasah swasta tersebut berganti nama menjadi Madrasah Aliyah “Al-Iqro” dengan dikepalai oleh Drs. Hasamin. Pada saat itu, MA Al-Iqra menyelenggarakan pendidikannya ditunjang dengan fasilitas “seadanya” bahkan dengan bangunan madrasah yang hampir jauh dari kata “layak”. Pada perkembangan selanjutnya, MA Al-Iqra ini bertransformasi menjadi madrasah negeri dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 107 Tanggal 02 Juli 1997 dengan nama Madrasah Aliyah Negeri 3 Sumbawa.
Sejak awal penegeriannya sampai dengan saat ini, MAN 3 Sumbawa mengalami beberapa kali periode kepemimpinan. Pada awal-awal perubahan statusnya dari swasta menjadi negeri, MAN 3 Sumbawa dipimpin oleh Drs. Mursidi Abdullah dari tahun 1997 s.d. 2001. Periode berikutnya pada tahun 2001 s.d. 2003, MAN 3 Sumbawa dipimpin oleh Drs. Syarifuddin. Selanjutnya pada tahun 2003 s.d. 2009, MAN 3 Sumbawa dipimpin oleh Drs. H. Jabaruddin. Kemudian, kepimimpinan MAN 3 Sumbawa diduduki oleh Drs. Aziz pada tahun 2009 s.d. 2017. Berikutnya pada tahun 2017 s.d. saat ini, MAN 3 Sumbawa dipimpin oleh Drs. H. Akhyar.
Di bawah kepimimpinan Drs. H. Akhyar, MAN 3 Sumbawa alhamdulillah telah banyak dan insyaallah akan terus mengalami perubahan menjadi lembaga pendidikan formal yang lebih baik dan maju. Semoga Allah Subhanahuwata’ala senantiasa meridhoi, menolong, dan memudahkan setiap usaha baik (sekecil apapun) dan niat tulus dari setiap pemimpin MAN 3 Sumbawa dalam membenahi dan memajukan madrasah ini. Kami memohon juga, semoga Allah Subhanahuwata’ala memberikan balasan yang lebih baik dari setiap jasa dan pengorbanan para pemimpinnya terdahulu dan siapa saja yang ambil andil dalam memajukan MAN 3 Sumbawa. Hanya kepada Allah Subhanahuwata’ala, segala tumpuan harapan dan cita-cita. Sesungguhnya Allah Subhanahuwata’ala Maha Kuasa atas segala sesuatu.